امامزاده سید میر محمد فرزند امام موسی کاظم (ع) می باشند که با برادرشان، احمد بن موسی کاظم از یک مادر هستند. سید میر محمد در بین شیعیان به فردی اهل عبادت، فضل و تقوی شناخته شده بودند  به طوریکه از کثرت عبادت به محمد عابد، مشهور بودند. وی در زمان خلافت مأمون عباسی به همراه برادرشان احمد بن موسی کاظم و شیعیان و نزدیکان اهل بیت به قصد دیدار برادرشان امام رضا (ع)، از مدینه به سمت توس حرکت می کنند و در جنگ سختی که بین ایشان با سپاه قتلغ، حاکم عباسی فارس، درمی گیرد، عده‌ای از بنی هاشم  کشته می شوند و عده ای نیز از جمله سید میرمحمد موفق می شوند خود را به شیراز برسانند و در آنجا مخفی شوند؛ زمان و نحوه درگذشت سید میر محمد مشخص نیست و نحوه کشف قبر سید میر محمد نیز چنین بوده است که حدود سال ۷۲۵ هجری قمری میرزا عنایت الله دستغیب، نوری را در خانه خویش مشاهده می‌کند و بعد از جستجو به لوح قبری برمی خورد و مشخص می شود که جسد سید میر محمد در این خانه مدفون است. میرزا عنایت الله دستغیب بانی این امامزاده می‌شود و چندین خانه از اطراف آن را خریداری می کند و آن را توسعه می دهد و سپس نیز املاکی را بر آن وقف می نماید.